เมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม ศาลปกครองอุบลราชธานี ศาลปกครองสูงสุด ได้นัดฟังคำพิพากษา กรณีสิทธิ์การทำทีมระหว่าง อีสาน ยูไนเต็ดกับ ศรีสะเกษ เอฟซี ที่มีปัญหายืดเยื้อมากว่า 10 ปี โดยปรากฎว่า ศาลปกครองสูงสุดมีพิพากษาให้สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ คืนสิทธิ์ ทีมฟุตบอล ศรีสะเกษ เอฟซี ให้ทีม อีสาน ยูไนเต็ด และชดใช้ค่าเสียหายให้ อีสาน ยูไนเต็ด เป็นจำนวนเงิน 18.5 ล้านบาท

สำหรับปัญหาดังกล่าว เกิดขึ้นตั้งแต่ปี 2012 เมื่อสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ประกาศว่า สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี จะเปลี่ยนชื่อสโมสรเป็นอีสาน ยูไนเต็ด พร้อมย้ายสนามเหย้าไปอยู่ที่จังหวัดอุบลราชธานี ทำให้เกิดความไม่พอใจต่อแฟนบอลของทีมศรีสะเกษ เอฟซี จนมีการประท้วงหน้าสนาม ซึ่งผลงานในฤดูกาลนั้น อีสาน ยูไนเต็ด จบอันดับ 5 ของไทยลีก

จากนั้นในปีต่อมามีข้อพิพาทเรื่องสิทธิการทำทีม ศรีสะเกษ เอฟซี ได้เรียกร้องสิทธิ์การทำทีมคืนจากอีสาน ยูไนเต็ด ก่อนที่สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ จะให้สิทธิ์ศรีสะเกษ เอฟซี ทำทีมลุยศึกไทยลีกในปีนั้น แต่ก็แข่งขันได้เพียง 3 นัดเท่านั้น ผู้บริหารฝั่งของอีสาน ยูไนเต็ด ได้ไปฟ้องศาลปกครองอุบลราชธานี ก่อนที่ศาลปกครองจะมีคำสั่งคุ้มครอง ทำให้ศรีสะเกษ เอฟซี ในปีนั้นต้องยุติการแข่งขันในไทยลีกและไทยลีกปีนั้นก็เหลือการแข่งขันเพียง 17 ทีม

ในฤดูกาลต่อมา (2014) ศรีสะเกษ เอฟซี ได้สิทธิ์กลับมาเล่นในลีกสูงสุดอีกครั้ง ก่อนจะตกชั้นไปยังไทยลีก 2 เมื่อปี 2018 และล่าสุดอยู่ในไทยลีก 3 เข้าเล่นรอบแชมเปี้ยนชิพ แต่พลาดตั๋วขึ้นไปสู่ไทยลีก 2

โดยช่วงปลายปี 2016 ศาลปกครองศาลปกครองอุบลราชธานี มีคำพิพากษาให้เพิกถอนมติหรือคำสั่งของผู้ถูกฟ้องคดี (สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ) ทำให้สิทธิการทำทีมกลับไปอยู่กับอีสาน ยูไนเต็ด แต่ก็ยังมีการยื่นเรื่องถึงศาลปกครองสูงสุดทำให้คดียืดเยื้อมาจนถึงปัจจุบัน ก่อนที่สุดท้ายจะมีการตัดสินให้คืนสิทธิการทำทีมให้กับอีสาน ยูไนเต็ด แทน