แม้ว่าตอนนี้ Yahoo! Japan จะเป็นบริษัทลูกของทาง Z Holding ที่มี Softbank เป็นเจ้าของอยู่ แต่ว่าก็ยังมีการอยู่ระหว่างดำเนินการข้อตกลงในการใช้เครื่องหมายทางการค้าของ Yahoo! และ Yahoo! Japan เพื่อใช้ในประเทศญี่ปุ่นต่อไป
ล่าสุด Yahoo! Japan ได้ยกเลิกข้อตกลงนการใช้เครื่องหมายทางการค้าเดิม และมีการเปลี่ยนเป็นค่ารอยัลตี้แบบรายปีและมีข้อเสนอต่างๆ ในการซื้อ ทำให้มูลค่านั้นรวมอยู่ที่ 1.785 แสนล้านเยน และทำให้เกิด Yahoo! Japan มีความคล่องตัวในการใช้งานเครื่องหมายทางกาคา Yahoo! ได้มากขึ้น
จริงๆ แล้วข้อตกลงดังกล่าวมีผลหลังจากที่ Verizon ได้ขาย Yahoo ไปให้บริษัทการลงทุน Apollo ในก่อนหน้านี้
